annotask

# 设置 Grid Engine DRMAA 路径，并使用 rpath 嵌入库路径
export CGO_CFLAGS="-I/opt/gridengine/include"
export CGO_LDFLAGS="-L/opt/gridengine/lib/lx-amd64 -ldrmaa -Wl,-rpath,/opt/gridengine/lib/lx-amd64"
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gridengine/lib/lx-amd64:$LD_LIBRARY_PATH

# 安装（从 GitHub 下载并编译指定版本）
# CGO_ENABLED=1 go install github.com/seqyuan/annotask/cmd/annotask@v1.9.7
CGO_ENABLED=1 go install github.com/seqyuan/annotask/cmd/annotask@latest

首次运行 annotask 时，会在程序所在目录自动创建 annotask.yaml 配置文件。

基本使用

执行任务

# Local 模式：并行执行任务
annotask -i input.sh -l 2 -t 4 --project myproject
# 或者显式指定模块
annotask local -i input.sh -l 2 -t 4 --project myproject

# QsubSge 模式：投递到 SGE 集群
annotask qsubsge -i input.sh -l 2 -t 4 --project myproject --cpu 2 --mem 4

查询任务状态（stat 模块）

stat 模块用于查询全局数据库中的任务状态，支持两种查询模式：

查询所有项目（汇总视图）：

annotask stat

输出格式：project module mode status statis stime etime

project: 项目名称
module: 模块名称（输入文件的 basename）
mode: 运行模式（local 或 qsubsge）
status: 任务状态（running、completed、failed 或 -）
statis: 任务统计，格式为 已完成数/总任务数
stime: 开始时间（MM-DD HH:MM 格式）
etime: 结束时间（MM-DD HH:MM 格式，未结束显示 -）

查询特定项目（详情视图）：

annotask stat -p myproject

输出格式：module pending running failed finished stime etime + shellPath 列表

显示项目的详细任务统计信息
自动显示每个模块的完整输入文件路径

删除任务记录（delete 模块）

delete 模块用于删除全局任务数据库中的任务记录：

# 删除整个项目
annotask delete -p myproject

# 删除特定模块
annotask delete -p myproject -m input

注意

删除任务记录只会删除全局任务数据库中的记录，不会删除本地任务数据库文件。如果需要删除本地任务数据库，需要手动删除对应的 .db 文件。

数据库说明

annotask 使用 SQLite3 数据库来记录任务状态，包含两种数据库：

本地任务数据库（`{脚本名}.db`）

每个输入脚本对应一个本地 SQLite 数据库，记录每个子任务的详细状态：

任务状态（Pending, Running, Failed, Finished）
退出码、重试次数
开始/结束时间
任务ID（local 模式为 PID，qsubsge 模式为 Job ID）
资源信息（CPU、内存等，qsubsge 模式）

全局任务数据库（`annotask.db`）

全局数据库记录所有任务的总体状态，支持跨项目查询和管理：

项目名称和模块名称
任务统计信息（总数、Pending、Failed、Running、Finished）
启动和结束时间
输入文件路径

数据库路径可在配置文件的 db 字段中修改。如果多个用户或多进程需要访问全局数据库，需要设置相应的文件权限。

文档导航

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