annotask
Series

安装指南

安装 annotask

安装前提

  1. SQLite3 开发库
  2. DRMAA 库（如果使用 qsubsge 模式）
  3. Go 编译器 1.22.2 或更高版本

安装命令

# 设置 Grid Engine DRMAA 路径，并使用 rpath 嵌入库路径
export CGO_CFLAGS="-I/opt/gridengine/include"
export CGO_LDFLAGS="-L/opt/gridengine/lib/lx-amd64 -ldrmaa -Wl,-rpath,/opt/gridengine/lib/lx-amd64"
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gridengine/lib/lx-amd64:$LD_LIBRARY_PATH

#
go env -w GOPROXY=https://goproxy.cn,direct
# go env -w GOPROXY=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/goproxy/,direct

# 安装（从 GitHub 下载并编译指定版本）
# CGO_ENABLED=1 go install github.com/seqyuan/annotask/cmd/annotask@v1.9.7
CGO_ENABLED=1 go install github.com/seqyuan/annotask/cmd/annotask@latest

如你的服务器没有qsub功能，用下面的安装命令

go env -w GOPROXY=https://goproxy.cn,direct
# CGO_ENABLED=0 go install github.com/seqyuan/annotask/cmd/annotask@v1.9.7
CGO_ENABLED=0 go install github.com/seqyuan/annotask/cmd/annotask@latest

which annotask

配置文件

首次运行 annotask 时，会在程序所在目录自动创建 annotask.yaml 配置文件。配置文件包含：

  • db: 全局数据库路径（记录所有任务）
  • project: 默认项目名称
  • retry.max: 最大重试次数
  • queue: SGE 默认队列
  • node: SGE 节点名称（qsubsge 模式会检查）
  • defaults: 各参数的默认值

配置文件示例见 annotask.yaml.example。

全局数据库权限设置

如果多个用户或多进程需要访问全局数据库（配置文件中 db 字段指定的路径），需要设置相应的文件权限：

# 假设全局数据库路径为 /path/to/annotask.db
# 对上一级文件夹设置权限
chmod 777 $(dirname /path/to/annotask.db)

# 对数据库文件设置权限
chmod 777 /path/to/annotask.db

这样确保所有用户和进程都可以读取和写入全局数据库。

Tips

如何查找环境变量

如果不知道 Grid Engine 的安装路径，可以使用以下命令查找：

# 查找 drmaa.h 头文件位置
find /opt/gridengine -name "drmaa.h" 2>/dev/null

# 查找 libdrmaa.so 库文件位置
find /opt/gridengine -name "libdrmaa.so*" 2>/dev/null

找到路径后：

  • 将头文件所在目录设置为 CGO_CFLAGS（例如：-I/opt/gridengine/include）
  • 将库文件所在目录设置为 CGO_LDFLAGS（例如：-L/opt/gridengine/lib/lx-amd64 -ldrmaa）
  • 如果使用方法 1（rpath），在 CGO_LDFLAGS 中添加 -Wl,-rpath,/opt/gridengine/lib/lx-amd64
  • 编译时也需要设置 LD_LIBRARY_PATH 以便链接器找到库

卸载

# 删除可执行文件
rm $(go env GOPATH)/bin/annotask

下一步

安装完成后，可以查看：

Edit this page
Last Updated 1/11/2026, 10:45:31 AM
ON THIS PAGE