常见问题
annotask 常见问题
并行子进程中其中有些子进程出错怎么办？
例如示例所示input.sh中的第2个和第3个子脚本出错，那么待input.sh退出后，修正子脚本的命令行，再重新运行或者投递input.sh即可。在重新运行work.sh时，annotask会自动跳过已经成功完成的子脚本，只运行出错的子脚本。
如果任务失败，annotask会自动重试（最多3次），无需手动重新运行。
编译错误: "drmaa.h: No such file or directory"
原因: 系统未安装 DRMAA 开发库
解决方案:
- 如果不需要 qsubsge 模式，可以忽略此错误（不影响local模式）
- 如果需要 qsubsge 模式，必须安装 DRMAA 库（通常随SGE系统一起安装）
Ubuntu/Debian:
sudo apt-get install -y libdrmaa1.0 libdrmaa-dev
编译错误: "sqlite3.h: No such file or directory"
原因: 系统未安装 SQLite3 开发库
解决方案: 按照安装说明安装 libsqlite3-dev 或 sqlite-devel
Ubuntu/Debian:
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y libsqlite3-dev
CentOS/RHEL:
sudo yum install -y sqlite-devel
# 或者对于较新版本
sudo dnf install -y sqlite-devel
macOS:
brew install sqlite
QsubSge 模式报错: "current node does not match config node"
原因: 当前节点与配置文件中的node设置不一致
解决方案:
- 修改配置文件中的
node为当前节点名称 - 或者将
node设置为空字符串（会自动使用当前主机名）
查看当前节点名称
hostname
修改配置文件
编辑 annotask.yaml 文件，修改 node 字段：
node: "" # 空字符串表示自动使用当前主机名
# 或者
node: "your-node-name" # 设置为当前节点名称
如何设置合适的并发数（-p 参数）？
Local 模式
- CPU 密集型任务: 建议设置为 CPU 核心数
- I/O 密集型任务: 可以设置更高（如 CPU 核心数的 2-4 倍）
- 混合型任务: 建议设置为 CPU 核心数的 1-2 倍
QsubSge 模式
- 可以设置较高（如 50-100），因为只是提交和监控
- 实际执行在 SGE 节点，不受本地资源限制
- 建议根据网络和 DRMAA 库性能调整
任务一直处于 Pending 状态怎么办？
可能的原因：
- 并发数限制: 当前运行的任务数已达到
-p参数设置的最大值 - SGE 队列问题: 在 qsubsge 模式下，SGE 队列可能已满或资源不足
- 数据库锁定: 数据库可能被锁定，尝试删除
.db文件重新运行
检查方法
# 查看任务状态
annotask stat
# 查看 SGE 队列状态（qsubsge 模式）
qstat
如何查看任务的详细日志？
每个子任务的标准输出和标准错误会分别保存到 .o 和 .e 文件：
- Local 模式:
input.sh.shell/work_0001.sh.o和input.sh.shell/work_0001.sh.e - QsubSge 模式:
input.sh.shell/work_0001.sh.o.{jobID}和input.sh.shell/work_0001.sh.e.{jobID}
查看日志
# 查看标准输出
cat input.sh.shell/work_0001.sh.o
# 查看标准错误
cat input.sh.shell/work_0001.sh.e
如何清理已完成的任务记录？
删除任务记录
# 删除整个项目
annotask delete -p myproject
# 删除特定模块
annotask delete -p myproject -m input
手动删除数据库文件
# 删除本地任务数据库
rm input.sh.db
# 删除全局任务数据库（谨慎操作）
rm annotask.db
注意
删除全局任务数据库会删除所有任务记录，请谨慎操作。
任务重试次数如何修改？
在配置文件 annotask.yaml 中修改 retry.max 字段：
retry:
max: 3 # 最大重试次数，可以修改为其他值